Een aantal jaren na de Afscheiding van 1834 ontstaat er in Zwijndrecht een Christelijke Afgescheiden Gemeente. Deze gemeente komt bijeen in een kerkje op de hoek van het Slagveld, ter hoogte van de Damsteeg. Op 16 juni 1841 wordt de gemeente officieel erkend door koning Willem II. Na de komst van enkele rechtzinnige predikanten in de Nederlandse Hervormde Kerk, wordt de gemeente in 1843 echter opgeheven. Een deel van de leden keert dan naar de Nederlandse Hervorm¬de Kerk terug anderen voegen zich bij de Christelijke Afgescheiden Gemeente van Dordrecht of zoeken aansluiting bij de Kruisgemeenten.
In de jaren die volgen maken vele kerkgangers op zondag de oversteek per boot naar Dordrecht. Later ook te voet, toen de spoorbrug in gebruik werd genomen. De ouderen en hen die slecht ter been zijn komen veelal bijeen in gezelschappen. Toch wordt de behoefte gevoeld om binnen een kerkelijke gemeente rondom het Woord te komen. Dit leidt uiteindelijk tot de instituering van een Christelijke Gereformeerde Kerk te Zwijndrecht op 8 maart 1918. Slechts 3 dagen daarna wordt het besluit genomen om een kerk te bouwen aan de Burg. de Bruïnelaan, die op 29 augustus 1919 in gebruik wordt genomen door ds. L.H. van der Meiden.
Al spoedig krijgt de gemeente haar eerste predikant. In 1920 wordt ds. K. Groen aan de gemeente verbonden. Het is een bloeiende tijd, de gemeente verdubbelt tijdens zijn ambtsperiode (van 250 naar 500 leden). Het gevolg is dat de nieuwe kerk al snel moet worden verbouwd en er onder andere een galerij wordt aangebracht.
Vijf jaar zal ds. Groen de gemeente dienen. In 1925 vertrekt hij naar Rotterdam. Maar de vacante periode zal niet lang duren. Al in 1927 doet ds. J.P. Meijering intrede in de gemeente en hij zal er 15 jaar aan verbonden blijven. Het valt overigens niet mee om tijdens de crisis van de jaren ’30 predikant te zijn. De financiële situatie is zorgelijk en de dominee biedt een aantal keren aan om zijn traktement te verlagen. Eigenlijk kan men de dominee maar nauwelijks onderhouden.
Als ds. Meijering in 1942 vertrekt naar Maassluis, midden in de oorlogsjaren, wordt de pastorie door de Wehrmacht gevorderd. Maar ook het kerkgebouw wordt regelmatig door de Duitsers gebruikt voor het houden van Duitse kerkdiensten. En als de hongerwinter uitbreekt in 1944 worden de diensten in de consistorie gehouden omdat veel leden niet meer in staat zijn om naar de kerk te komen.
Midden in de oorlogsjaren (april 1944) brengt de gemeente een beroep uit op ds. G.A. Zijderveld te Zaamslag die dit beroep aanneemt. In verband met de oorlogsomstandigheden duurt het echter nog tot augustus 1945 voordat hij in Zwijndrecht bevestigd kan worden.
Ds. Zijderveld was een ongehuwde predikant. Hij zou de gemeente ook maar kort dienen. Al in 1948 neemt hij een beroep aan naar de andere zijde van de oceaan, Grand Rapids (USA). Echter, voor zijn vertrek naar Grand Rapids treedt ds. Zijderveld op 30 september 1948 in het huwelijk met Margaretha Baars uit Utrecht. Hun huwelijk wordt kerkelijk bevestigd door prof. G. Wisse.
Het beroepingswerk in Zwijndrecht wordt (rijk) gezegend. Want het duurt niet lang voordat kandidaat M.S. Roos het beroep naar Zwijndrecht mag aannemen in 1950. Op 8 februari 1951 wordt hij er bevestigd tot predikant. Onder zijn ambtsbediening wordt er in de gemeente een nieuw orgel geplaatst. Dit blijkt zoveel volume te hebben dat men buiten het kerkgebouw kan meegenieten met de klanken die het voortbrengt.
Vijfenhalf jaar later vertrekt de predikant weer uit Zwijndrecht omdat hij het beroep van Alphen aan den Rijn heeft aangenomen. Maar ook nu zal de vacante periode kort duren. Een beroep wordt in 1957 uitgebracht op jonge ds. E. Venema, die sinds 1952 aan zijn eerste gemeente Maassluis verbonden is. En tot blijdschap van de gemeente mag hij dat beroep aannemen. Op 5 november 1957 wordt hij door ds. J. Keuning bevestigd in zijn tweede gemeente.
Onder zijn bediening groeit de gemeente maar het is niet meer mogelijk om het kerkgebouw te vergroten. Daarom neemt de gemeente het besluit om een nieuw kerkgebouw te bouwen. Deze verrijst in 1964 aan de Burg. Jansenlaan. En op 13 mei 1965 neemt ds. Venema de nieuwe Eben-Haëzerkerk in gebruik waarbij hij het Woord bedient uit 2 Kronieken 6: 20.
Inmiddels hebben zich echter ingrijpende gebeurtenissen in de gemeente voorgedaan. Door allerlei ontwikkelingen binnen het kerkverband is het in februari 1965 namelijk tot een scheuring in de gemeente gekomen. Samen met de predikant en de voltallige kerkenraad verlaten zo’n 700 personen de Christelijke Gereformeerde Kerken. Na enkele jaren als Christelijke Gereformeerde Kerk in Hersteld Verband te hebben bestaan, wordt er eind 1968 contact gezocht met de Gereformeerde Gemeenten. Op 22 februari 1969 gaat de classis Dordrecht van de Gereformeerde Gemeenten in principe akkoord met de overkomst van de gemeente, zij het dat er een overgangsperiode van twee jaar in acht zal worden genomen. Op 11 mei 1970 besluit de classis echter deze overgangsperiode te bekorten en de gemeente van Zwijndrecht met haar predikant met onmiddellijke ingang in het kerkverband op te nemen.
Binnen het verband van de Gereformeerde Gemeenten zal ds. Venema nog drie jaar aan de gemeente verbonden blijven. Na ruim 20 beroepen op de predikant komt het beroep van Drachten in november 1972 dat moet worden aangenomen.
In datzelfde jaar neemt de gemeente een nieuw orgel in gebruik. De vacante periode zal dan lang gaan duren. Tot 1973 was de gemeente meestal niet langer dan circa 3 tot 4 jaar vacant. Ditmaal werden er in 11 jaar tijd 53 beroepen uitgebracht waarop een bedankbrief volgde. Echter het 54e beroep, uitgebracht op ds. A.F. Honkoop te Rotterdam-Centrum, mocht door deze predikant worden aangenomen. Hij zal de gemeente 6,5 jaar dienen. In 1990 vertrekt hij naar zijn laatste gemeente, Wageningen, waar hij tot zijn emeritaat in 2000 verblijft.
In 1991 en 1992 worden de consistorie en de bovenzalen van de kerk opgeknapt en worden de ingangen aangepast. Inmiddels is het beroepingswerk ook weer voortvarend ter hand genomen: circa 5 keer per jaar wordt er in het land een beroepsbrief bezorgd bij diverse predikanten. In 1994, wanneer de kandidaten van de Theologische School beroepbaar zijn, wordt de brief bij kand. A. Vermeij bezorgd die vrijmoedigheid heeft om het beroep van Zwijndrecht aan te nemen. Vermeij was eerder evangelist te Emmen maar mocht in 1990 de studie tot predikant gaan volgen aan de Theologische school. Zwijndrecht wordt dus zijn eerste gemeente in het ambt van predikant.
Ds. Vermeij dient de gemeente bijna 7 jaar. Net voor de kerst van het jaar 2000 komt er een roep vanuit Elspeet, op de Veluwe. De predikant kan er niet onderuit en neemt het beroep aan. In april 2001 verlaat hij Zwijndrecht en verbindt zich aan genoemde gemeente.
In 2002 en 2003 wordt de pastorie tijdelijk bewoond door ds. E. Hakvoort, die kort tevoren vanuit de Christelijke Gereformeerde Kerken naar de Gereformeerde Gemeenten is overgekomen. In diezelfde periode (2002) komt er nóg een predikant vanuit dit kerkverband over naar de Gereformeerde Gemeenten in de persoon van ds. J. Veenendaal. Hij wordt verbonden aan Rhenen maar mag begin 2007 de roep vanuit Zwijndrecht opvolgen. Op 11 april van dat jaar wordt hij door ds. Van Krimpen bevestigd als predikant te Zwijndrecht. Helaas zou deze periode niet lang duren. De predikant wordt door een ernstige ziekte getroffen en overlijdt op 26 februari 2010 in de leeftijd van 64 jaar.
Daarna blijft de gemeente herderloos, ook na 40 uitgebrachte beroepen op kandidaten en predikanten. Maar de Herder blijft!! Hij zal zorgen dat ook deze kudde, die nu 100 jaar bestaat, geweid wordt van zondag tot zondag en in de weekdiensten. Het welbehagen des Heeren zal door Zijn Hand gelukkiglijk voortgaan!
Bij het maken van dit artikel is (met toestemming van de auteur) ook gebruik gemaakt van het boek "Zijn daan getoond en trouw'lijk hen geleid".